在此前的《全境封锁2》PC性能表现分析中，测试结果显示本作能充分利用高低不同档次的PC硬件。不过现在有一批玩家发现，《全境封锁2》会在一些情况下导致CPU负载极高的异常现象。
《全境封锁2》是一款少见的能够充分利用多核和超线程的游戏，在此前的性能分析中，只要开启CPU的超线程，就能获得显著的性能表现提高。
在测试中，模拟四核和六核如果不开启超线程，在720p分辨率，终极画质的条件下达到了100% CPU负荷。但如果开启超线程，CPU占用就会下降到80% - 90%。
育碧对此表示，他们正在进行调查。但可能并不是漏洞或者问题，而是游戏本身就对CPU有很强的依赖。开启超线程以后，6、8、甚至12个CPU线程都会被全部利用，不存在闲置。而且即使是不开超线程，现代四核CPU也足以达到60fps。唯一能够降低CPU占用的方法，可能是调高画面品质，让运算瓶颈转移到GPU上，或者将画面帧数锁定在60fps。